早在1995年，凭据其时的《知识产权海关掩护条例》，知识产权存案是知识产权权利人向海关寻求掩护的前提条件。但2003年12月修订的《知识产权海关掩护条例》对此进行了修改，不再要求知识产权权利人在向海关申请掩护前必须进行知识产权存案。然而，考虑到海关在依职权掩护知识产权时，需要有足够的信息，修订后的《条例》仍然划定，知识产权存案是海关依职权掩护的前提条件。 虽然事先不进行知识产权存案，知识产权权利人仍然可以向口岸海关申请扣留侵权嫌疑货物。但是，存案与否在实践中照旧有一定的差异。事先进行知识产权的意义或作用主要体现在： 
（一）是海关主动掩护的前提条件 
（二）有助于海关发现侵权货物 
（三）海关进行掩护时知识产权权利人的经济肩负较轻 
（四）可以对侵权人发生震慑作用和作为进出口货物时侵权风险分析的参考 目前，可以进行海关存案的权利有商标专用权、著作权和与著作权有关的权利、专利权、奥运会标志、世博会标志等
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